Lo strano caso della patata.

http://www.pnas.org/content/112/18/5844.full

Questa scopertuola è abbastanza sconcertante.

kalab99 ha scritto:http://www.pnas.org/content/112/18/5844.full

Questa scopertuola è abbastanza sconcertante.

This finding draws attention to the importance of plant–microbe interactions, and given that this crop has been eaten for millennia, it may change the paradigm governing the “unnatural” status of transgenic crops.

Grazie, interessante. Domani me lo leggo con calma, anche se

Edited by Eugene W. Nester, University of Washington, Seattle, WA, and approved March 16, 2015 (received for review October 13, 2014)

classificato sotto "Current issues" mi da un po' da pensare.

Sono stanco e non ho voglia di farlo ora, ma hai provato con una ricerca incrociata su PubMed?

No, devo ancora approfondire bene anch'io ;]...ho letto anche cose abbastanza sorprendenti sul genoma del grano, robe da dare credo grattacapi per anni.

kalab99 ha scritto:No, devo ancora approfondire bene anch'io ;]...ho letto anche cose abbastanza sorprendenti sul genoma del grano, robe da dare credo grattacapi per anni.

facciamo che ci risparmiamo tempo a vicenda, ho introdotto "Eugene W. Nester"
come chiave di ricerca, ecco i risultati

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Eugene+W.+Nester

La questione è molto complicata però.

Della serie: scoperto il fenomeno anche "loro" devono capirci qualcosa, figuriamoci noi ignoranti.

A meno che non ci si chiami James Watson e si sognino certi 'creative breakthroughs' oppure nel caso in cui ci si affidi al proprio inconscio, scoperte di rilievo richiedono sempre di essere comprese e per di più approfondite... Giusto per non rimangiarsi la parola

Per non parlare di: "è il via libera all'ingegneria genetica, che esiste già in natura."

La natura è una sperimentatrice un po' cieca (aberrazioni cromosomiche, mutazioni subletali) oppure quando fa qualcosa di benevolo, prende piede dopo molte, moltissime generazioni (vedere ad es. la tolleranza al lattosio; è grazie ai nostri antenati se oggi in tanti possiamo digerire tranquillamente i nostri amati formaggi, ma coloro che tot millenni fa ne erano sprovvisti, non hanno potuto dire lo stesso). E per di più se e solo se una maggioranza ha il sopravvento. Chissà quanti caratteri utili si sono perduti perché gli organismi che ne erano in possesso non hanno fatto in tempo a passarli alla prole...

Justine ha scritto:La natura è una sperimentatrice un po' cieca (aberrazioni cromosomiche, mutazioni subletali) oppure quando fa qualcosa di benevolo, prende piede dopo molte, moltissime generazioni (vedere ad es. la tolleranza al lattosio; è grazie ai nostri antenati se oggi in tanti possiamo digerire tranquillamente i nostri amati formaggi, ma coloro che tot millenni fa ne erano sprovvisti, non hanno potuto dire lo stesso). E per di più se e solo se una maggioranza ha il sopravvento. Chissà quanti caratteri utili si sono perduti perché gli organismi che ne erano in possesso non hanno fatto in tempo a passarli alla prole...

A proposito:
http://prosopopea.com/2013/06/08/quando-luomo-aveva-48-cromosomi/

Un commentatore chiede, e non è una domanda stupida: perché son scomparsi del tutto gli uomini con 48 cromosomi?

In realtà anche in tempi recenti si sono verificati casi di persone con 44 cromosomi, che conducono tuttavia una vita normale (da quanto ricordo sono casi di cosiddetta "balanced translocation", o traslocazione).

Toh, ho ritrovato l'articolo da cui era tratta la vicenda:

"The parent with the balanced translocation can make 4 different kinds of sperm or egg (the second row). As the figure shows, when the eggs and sperm combine, 1/2 of the time the fetus ends up with an extra or missing chromosome. Unless this chromosome is the X, Y or number 21, the usual result is miscarriage or being born with severe problems.

In this case it would almost certainly result in miscarriage. In fact, the 44 chromosome man's family has a long history of miscarriages and spontaneous abortions"

Quindi è più che ovvio che alcune alterazioni cromosomiali sono perlopiù suicide e tendono ad autoeliminarsi salvo ricomparire sotto forma di (ulteriori) aberrazioni nelle generazioni successive

WOW, CHE FIGATA!

Justine ha scritto:In realtà anche in tempi recenti si sono verificati casi di persone con 44 cromosomi, che conducono tuttavia una vita normale (da quanto ricordo sono casi di cosiddetta "balanced translocation", o traslocazione).

Toh, ho ritrovato l'articolo da cui era tratta la vicenda:

"The parent with the balanced translocation can make 4 different kinds of sperm or egg (the second row). As the figure shows, when the eggs and sperm combine, 1/2 of the time the fetus ends up with an extra or missing chromosome. Unless this chromosome is the X, Y or number 21, the usual result is miscarriage or being born with severe problems.

In this case it would almost certainly result in miscarriage. In fact, the 44 chromosome man's family has a long history of miscarriages and spontaneous abortions"

Quindi è più che ovvio che alcune alterazioni cromosomiali sono perlopiù suicide e tendono ad autoeliminarsi salvo ricomparire sotto forma di (ulteriori) aberrazioni nelle generazioni successive

Be' sì, il fatto incredibile che ci è accaduto è che siamo noi la generazione aberrante, mentre i 48 sono praticamente estinti.

kalab99 ha scritto:http://www.pnas.org/content/112/18/5844.full

Questa scopertuola è abbastanza sconcertante.

Il trasferimento orizzontale di geni è oramai conosciuto da molto tempo. È una fonte importante di variabilità genetica e di innovazioni evolutive.
Il fatto poi che un batterio trasferisca, non solo alcuni geni, ma tutto il suo genoma ad un organismo pluricellulare e quest'ultimo riesca ad integrarlo, è certo un evento abbastanza raro, anzi rarissimo, ma non ci vedo nulla di sconcertante, anzi, questo conferma le idee di Lynn Margulis che considerava il trasferimento orizzontale di geni come uno dei principali motori dell'evoluzione, e l'unico della macro-evoluzione.

Da anni sappiamo che alcune innovazioni di tipo macro-evolutivo sono dovute a trasferimento orizzontale di geni, o di genomi interi di origine batterica o virale.
Ad esempio, anche la placenta degli Eutheria è di origine virale, più precisamente retrovirale : un esemplare di Metatheria primitivo è stato infettato da un retrovirus e ne ha integrato l'intero genoma, in un primo tempo è diventato un retrovirus endogeno, integrato al genoma del Metatheria primitivo, ma silente, in un secondo tempo si è espresso di nuovo in un suo discendente (l'antenato comune di tutti gli Eutheria) dando origine alla placenta e al clade degli Eutheria.
Integrare un genoma virale o retrovirale non è un evento raro, il nostro genoma ne è pieno zeppo, quello che è invece raro, anzi rarissimo, è il fatto che ridiventi attivo e che riattivandosi ci procuri un vantaggio o addirittura sia all'origine di un evento macro-evolutivo. Ma d'altronde se così non fosse la macro-evoluzione sarebbe galoppante.

kalab99 ha scritto:Un commentatore chiede, e non è una domanda stupida: perché son scomparsi del tutto gli uomini con 48 cromosomi?

Ed invece è una domanda stupida. L'uomo ha 46 cromosomi. Quelli con 48 non erano ancora uomini. Uomini con 48 non ci sono mai stati.
L'uomo e lo scimpanzé derivano da un antenato comune, un Hominini primitivo con 48 cromosomi.

Nella discendenza che va da questo Hominini primitivo ai Panina attuali si sono mantenuti i 48, invece, nella discendenza che ha portato all'emergenza degli Hominina c'è stata la fusione.

Poiché la fusione è avvenuta nell'Hominina ancestrale 6-7 milioni di anni fa, tutti gli Hominina cioè tutte le specie del genere Australopithecus e tutte le specie del genere Homo, avevano già 46 cromosomi.
Tutte le specie del genere Australopithecus si sono stinte così come tutte le specie di Homo tranne la specie sapiens.
Siamo quindi i soli sopravvissuti con 46 cromosomi. I Panina e gli altri Homininae attuali ne hanno sempre 48.

Chiedersi come mai "non esistono più uomini con 48 cromosomi" è tanto stupido quanto il chiedersi perché se l'uomo è un Tetrapode e i Tetrapodi derivano da Vertebrati acquatici, "non esistono più uomini colle pinne e colle branchie".

Assenzio ha scritto:... Il trasferimento orizzontale di geni è oramai conosciuto da molto tempo. È una fonte importante di variabilità genetica e di innovazioni evolutive.
Il fatto poi che un batterio trasferisca, non solo alcuni geni, ma tutto il suo genoma ad un organismo pluricellulare e quest'ultimo riesca ad integrarlo, è certo un evento abbastanza raro, anzi rarissimo, ma non ci vedo nulla di sconcertante, anzi, questo conferma le idee di Lynn Margulis che considerava il trasferimento orizzontale di geni come uno dei principali motori dell'evoluzione, e l'unico della macro-evoluzione. ...

Mi fai vernire alla mente questo spettacolo qui, dal minuto 3,40 in poi ...



... in effetti, questi trasferimenti orizzontali tra specie sono sempre avvenuti ...

Assenzio ha scritto:

kalab99 ha scritto:http://www.pnas.org/content/112/18/5844.full

Questa scopertuola è abbastanza sconcertante.

kalab99 ha scritto:Un commentatore chiede, e non è una domanda stupida: perché son scomparsi del tutto gli uomini con 48 cromosomi?

Ed invece è una domanda stupida. L'uomo ha 46 cromosomi. Quelli con 48 non erano ancora uomini. Uomini con 48 non ci sono mai stati.
L'uomo e lo scimpanzé derivano da un antenato comune, un Hominini primitivo con 48 cromosomi.

Nella discendenza che va da questo Hominini primitivo ai Panina attuali si sono mantenuti i 48, invece, nella discendenza che ha portato all'emergenza degli Hominina c'è stata la fusione.

Poiché la fusione è avvenuta nell'Hominina ancestrale 6-7 milioni di anni fa, tutti gli Hominina cioè tutte le specie del genere Australopithecus e tutte le specie del genere Homo, avevano già 46 cromosomi.
Tutte le specie del genere Australopithecus si sono stinte così come tutte le specie di Homo tranne la specie sapiens.
Siamo quindi i soli sopravvissuti con 46 cromosomi. I Panina e gli altri Homininae attuali ne hanno sempre 48.

Chiedersi come mai "non esistono più uomini con 48 cromosomi" è tanto stupido quanto il chiedersi perché se l'uomo è un Tetrapode e i Tetrapodi derivano da Vertebrati acquatici, "non esistono più uomini colle pinne e colle branchie".

Mhm be' al di là del quando è successo, "la cui qual cosa ero ignorante" non mi sembrava stupida perché non si capisce il vantaggio evolutivo.

kalab99 ha scritto:Mhm be' al di là del quando è successo, "la cui qual cosa ero ignorante" non mi sembrava stupida perché non si capisce il vantaggio evolutivo.

Non si capisce il vantaggio evolutivo di cosa? della fusione?
La fusione dei due cromosomi fa parte delle tante mutazioni che possono avvenire e che avvengono in continuazione.
Come tutte le mutazioni può essere nefasta e provocare malattie gravi o anomalie dello sviluppo. In tal caso l'organismo non è  viabile e viene eliminato dalla selezione naturale poiché il portatore non sopravvive.
In alcuni casi può portare un vantaggio.

Ma la maggioranza delle mutazioni sono neutre, lo sono perché non hanno nessuna incidenza, né positiva né negativa.
La stragrande maggioranza delle mutazioni, fra cui anche fusioni cromosomiche, che sono avvenute nei genomi delle varie specie nel corso dell'evoluzione, non hanno avuto nessuna incidenza sull'espressione del genoma. Nonostante questo si sono fissate. Non è stato il vantaggio evolutivo che le ha fissate, si sono fissate  per pura deriva genetica.
La deriva genetica è un fattore di fissazione di mutazioni rare che non hanno nessun valore evolutivo, sono neutre.

Infatti, come viene spiegato nell'articolo http://prosopopea.com/2013/06/08/quando-luomo-aveva-48-cromosomi/ la fusione che abbiamo ereditato si è potuta fissare perché SOLO la deriva genetica può fissare una fusione del cariotipo. Altrimenti sarebbe subito andata perduta.

Ma siamo veramente sicuri che tale fusione non abbia proprio partecipato alla nostra evoluzione? Siamo certi che non abbia contribuito a fare di noi quello che siamo?

Fino al 2006 si è pensato che si trattasse proprio solo di una mutazione neutra.
Studi recenti tendono a provare il contrario : i geni HOX-D, fra le tante funzioni, specificano l'identità degli elementi vertebrali e delle membra in tutti i Tetrapodi.
Tra i geni HOX-D, ce n'è uno in particolare, il gene HOX-D13, che è responsabile dei metatarsi.
Homo sapiens ha 46 cromosomi, gli altri Homininae ne hanno 48.
In Homo sapiens i geni HOX-D sono localizzati sul cromosoma numero due, quello che risulta dalla fusione, in posizione 32.2. sul braccio del cromosoma. Allorché negli altri Hominidae, come i Panina, i geni HOX-D sono situati sul cromosoma dodici, cioè, proprio quello che si è fuso per dare il secondo cromosoma umano.
Con la fusione i geni HOX-D hanno cambiato posto. Questo spostamento (lo sappiamo dal 2006) ha modificato l'inizio della trascrizione dei geni HOX-D, questo ha fatto apparire i segmenti vertebrali più tardivamente e il sacrum si è formato più in basso nella colonna vertebrale, accorciandosi e la diversa espressione del D-13 ha contribuito alla formazione del metatarso tipico del piede, tutto questo ha contribuito all'apparizione brusca (altro che evoluzione graduale) della bipedia che è tipica degli Hominina.

Assenzio ha scritto:

kalab99 ha scritto:Mhm be' al di là del quando è successo, "la cui qual cosa ero ignorante" non mi sembrava stupida perché non si capisce il vantaggio evolutivo.

Non si capisce il vantaggio evolutivo di cosa? della fusione?
La fusione dei due cromosomi fa parte delle tante mutazioni che possono avvenire e che avvengono in continuazione.
Come tutte le mutazioni può essere nefasta e provocare malattie gravi o anomalie dello sviluppo. In tal caso l'organismo non è  viabile e viene eliminato dalla selezione naturale poiché il portatore non sopravvive.
In alcuni casi può portare un vantaggio.

Ma la maggioranza delle mutazioni sono neutre, lo sono perché non hanno nessuna incidenza, né positiva né negativa.
La stragrande maggioranza delle mutazioni, fra cui anche fusioni cromosomiche, che sono avvenute nei genomi delle varie specie nel corso dell'evoluzione, non hanno avuto nessuna incidenza sull'espressione del genoma. Nonostante questo si sono fissate. Non è stato il vantaggio evolutivo che le ha fissate, si sono fissate  per pura deriva genetica.
La deriva genetica è un fattore di fissazione di mutazioni rare che non hanno nessun valore evolutivo, sono neutre.

Infatti, come viene spiegato nell'articolo http://prosopopea.com/2013/06/08/quando-luomo-aveva-48-cromosomi/ la fusione che abbiamo ereditato si è potuta fissare perché SOLO la deriva genetica può fissare una fusione del cariotipo. Altrimenti sarebbe subito andata perduta.

Ma siamo veramente sicuri che tale fusione non abbia proprio partecipato alla nostra evoluzione? Siamo certi che non abbia contribuito a fare di noi quello che siamo?

Fino al 2006 si è pensato che si trattasse proprio solo di una mutazione neutra.
Studi recenti tendono a provare il contrario : i geni HOX-D, fra le tante funzioni, specificano l'identità degli elementi vertebrali e delle membra in tutti i Tetrapodi.
Tra i geni HOX-D, ce n'è uno in particolare, il gene HOX-D13, che è responsabile dei metatarsi.
Homo sapiens ha 46 cromosomi, gli altri Homininae ne hanno 48.
In Homo sapiens i geni HOX-D sono localizzati sul cromosoma numero due, quello che risulta dalla fusione, in posizione 32.2. sul braccio del cromosoma. Allorché negli altri Hominidae, come i Panina, i geni HOX-D sono situati sul cromosoma dodici, cioè, proprio quello che si è fuso per dare il secondo cromosoma umano.
Con la fusione i geni HOX-D hanno cambiato posto. Questo spostamento (lo sappiamo dal 2006) ha modificato l'inizio della trascrizione dei geni HOX-D, questo ha fatto apparire i segmenti vertebrali più tardivamente e il sacrum si è formato più in basso nella colonna vertebrale, accorciandosi e la diversa espressione del D-13 ha contribuito alla formazione del metatarso tipico del piede, tutto questo ha contribuito all'apparizione brusca (altro che evoluzione graduale) della bipedia che è tipica degli Hominina.

Questa è già una spiegazione